Tin sinh học - Cổng vào hơn 400 kỹ năng tin sinh học từ bioSkills và ClawBio

{/* Trang này được tạo tự động từ SKILL.md của kỹ năng bởi website/scripts/generate-skill-docs.py. Chỉnh sửa nguồn SKILL.md, không phải trang này. */}`#tin sinh học

Cổng vào hơn 400 kỹ năng tin sinh học từ bioSkills và ClawBio. Bao gồm bộ gen, phiên mã, tế bào đơn, cách gọi biến thể, dược động học, metagenomics, sinh học cấu trúc, v.v. Tìm nạp tài liệu tham khảo theo miền cụ thể theo yêu cầu.

Siêu dữ liệu kỹ năng

Nguồn	Tùy chọn — cài đặt với
`Hermes skills install official/research/bioinformatics
`
Đường dẫn

optional-skills/research/bioinformatics ` | | Phiên bản |

1.0.0 ` | | Nền tảng | Linux, macOS | | Thẻ |

bioinformatics

, `genomics

, `sequencing

, `biology

, `research

, science |

Tham khảo: đầy đủ SKILL.md

thông tin

Sau đây là định nghĩa kỹ năng đầy đủ mà Hermes tải khi kỹ năng này được kích hoạt. Đây là những gì tác nhân coi là hướng dẫn khi kỹ năng được kích hoạt.

Cổng kỹ năng tin sinh học

Sử dụng khi được hỏi về tin sinh học, gen, giải trình tự, gọi biến thể, biểu hiện gen, phân tích tế bào đơn, cấu trúc protein, dược động học, metagenomics, phát sinh gen hoặc bất kỳ nhiệm vụ sinh học tính toán nào.

Kỹ năng này là cửa ngõ dẫn vào hai thư viện kỹ năng tin sinh học nguồn mở. Thay vì tập hợp hàng trăm kỹ năng dành riêng cho từng miền, nó sẽ lập chỉ mục cho chúng và tìm nạp những gì bạn cần theo yêu cầu.

Nguồn`◆ bioSkills — 385 kỹ năng tham khảo (mẫu mã, hướng dẫn tham số, cây quyết định)

Kho lưu trữ: https://GitHub.com/GPTomics/bioSkills Định dạng: SKILL.md mỗi chủ đề với các ví dụ về mã. Python/R/CLI.`◆ ClawBio — 33 kỹ năng quy trình có thể chạy được (tập lệnh có thể thực thi, gói khả năng tái tạo) Kho lưu trữ: https://GitHub.com/ClawBio/ClawBio Định dạng: Tập lệnh Python có bản demo. Mỗi phân tích xuất report.md + command.sh + môi trường.yml.

Cách tìm nạp và sử dụng kỹ năng

1. Xác định tên miền và tên kỹ năng từ chỉ mục bên dưới.
2. Clone repo liên quan (slone nông để tiết kiệm thời gian):

   # bioSkills (reference material)
   git clone --depth 1 https://GitHub.com/GPTomics/bioSkills.git /tmp/bioSkills

# ClawBio (runnable pipelines)
   git clone --depth 1 https://GitHub.com/ClawBio/ClawBio.git /tmp/ClawBio

`
3. Đọc kỹ năng cụ thể:

``` bash

   # bioSkills — each skill is at: <category>/<skill-name>/SKILL.md
   cat /tmp/bioSkills/variant-calling/gatk-variant-calling/SKILL.md

# ClawBio — each skill is at: skills/<skill-name>/
   cat /tmp/ClawBio/skills/pharmgx-reporter/README.md

`
4. Thực hiện theo kỹ năng tìm nạp làm tài liệu tham khảo. Đây KHÔNG phải là các kỹ năng có định dạng Hermes - hãy coi chúng như những hướng dẫn tên miền chuyên nghiệp. Chúng chứa các tham số chính xác, cờ công cụ phù hợp và các đường dẫn được xác thực.

## Chỉ số kỹ năng theo miền

### Nguyên tắc cơ bản về trình tự
kỹ năng sinh học:
  Sequence-io/ — trình tự đọc, trình tự ghi, chuyển đổi định dạng, xử lý hàng loạt, tệp nén, chất lượng fastq, trình tự bộ lọc, kết thúc nhanhq, thống kê trình tự
  thao tác trình tự/ — đối tượng seq, bổ sung ngược, phiên mã-dịch, tìm kiếm mô típ, sử dụng codon, thuộc tính trình tự, cắt trình tự
ClawBio:
  seq-wrangler - Xử lý QC trình tự, căn chỉnh và BAM (bao bọc FastQC, BWA, SAMtools)`###Đọc QC & Căn chỉnh
kỹ năng sinh học:
  read-qc/ — báo cáo chất lượng, quy trình làm việc nhanh, cắt bớt bộ điều hợp, lọc chất lượng, xử lý umi, sàng lọc ô nhiễm, rnaseq-qc
  read-alignment/ — bwa-alignment, star-alignment, hisat2-alignment, bowtie2-alignment
  căn chỉnh-files/ — sam-bam-cơ bản, sắp xếp căn chỉnh, lọc căn chỉnh, thống kê bam, xử lý trùng lặp, tạo chồng chất

### Gọi và chú thích biến thể
kỹ năng sinh học:
  gọi biến thể/ — gọi gatk-biến thể, biến thể sâu, gọi biến thể (bcftools), gọi chung, gọi biến thể cấu trúc, lọc-thực hành tốt nhất, chú thích biến thể, chuẩn hóa biến thể, vcf-cơ bản, thao tác vcf, thống kê vcf, trình tự đồng thuận, diễn giải lâm sàng
ClawBio:
  vcf-annotator — Chú thích VEP + CLInVar + gnomAD với bối cảnh nhận biết tổ tiên
  chú thích biến thể - Đường dẫn chú thích biến thể

### Biểu thức vi phân (RNA-seq số lượng lớn)
kỹ năng sinh học:
  biểu thức vi phân/ — deseq2-cơ bản, cơ bản về edger, hiệu chỉnh hàng loạt, loại bỏ kết quả, loại bỏ trực quan hóa, chuỗi thời gian-de
  rna-quantification/ — căn chỉnh-không-quant (Salmon/kallisto), featurecounts-counting, tximport-workflow, count-Matrix-qc
  ma trận biểu thức/ — số lần nhập, ánh xạ gen-id, liên kết siêu dữ liệu, xử lý thưa thớt
ClawBio:
  rnaseq-de — Đường dẫn DE đầy đủ với QC, chuẩn hóa và trực quan hóa
  diff-visualizer - Trực quan hóa và báo cáo phong phú cho kết quả DE###-seq RNA đơn bào
kỹ năng sinh học:
  ô đơn/ — tiền xử lý, phân cụm, tích hợp hàng loạt, chú thích ô, giao tiếp tế bào, phát hiện cặp đôi, chú thích đánh dấu, suy luận quỹ đạo, tích hợp đa phương thức, nhiễu loạn-seq, phân tích scatac, theo dõi dòng dõi, giao tiếp chuyển hóa, dữ liệu-io
ClawBio:
  scrna-orchestrator - Đường dẫn Scanpy đầy đủ (QC, phân cụm, đánh dấu, chú thích)
  nhúng scrna - tích hợp hàng loạt và nhúng tiềm ẩn dựa trên scVI

### Phiên âm không gian
kỹ năng sinh học:
  không gian-transcriptomics/ — không gian-dữ liệu-io, tiền xử lý không gian, miền không gian, giải mã không gian, giao tiếp không gian, hàng xóm không gian, thống kê không gian, trực quan hóa không gian, đa hình không gian, phân tích hình ảnh

### Biểu sinh học
kỹ năng sinh học:
  chip-seq/ — gọi đỉnh, liên kết vi phân, phân tích mô típ, chú thích đỉnh, chipseq-qc, trực quan hóa chipeq, siêu tăng cường
  atac-seq/ — atac-peak-call, atac-qc, khả năng tiếp cận khác biệt, dấu chân, độ lệch mô-đun, định vị nucleosome
  phân tích methyl hóa/ — căn chỉnh bismark, gọi methyl hóa, phát hiện dmr, phân tích methylkit
  hi-c-analysis/ — hic-data-io, phát hiện tad, gọi vòng lặp, phân tích ngăn, cặp liên hệ, thao tác ma trận, hic-visualization, hic-vi phân
ClawBio:
  đồng hồ methyl hóa - ước tính tuổi biểu sinh

### Dược động học & lâm sàng
kỹ năng sinh học:
  cơ sở dữ liệu lâm sàng/ — tra cứu CLInvar, tần số gnomad, truy vấn dbsnp, dược động học, nguy cơ đa gen, gõ hla, ưu tiên biến thể, chữ ký soma, gánh nặng đột biến khối u, truy vấn myvariant
ClawBio:
  pharmgx-reporter - Báo cáo PGx từ 23andMe/AncetryDNA (12 gen, 31 SNP, 51 loại thuốc)
  ảnh thuốc — Ảnh thuốc → thẻ liều PGx được cá nhân hóa (thông qua tầm nhìn)
  CLInpgx — API CLInPGx cho dữ liệu thuốc gen và hướng dẫn CPIC
  gwas-lookup — Tra cứu biến thể liên kết trên 9 cơ sở dữ liệu gen
  gwas-prs - Điểm rủi ro đa gen từ dữ liệu di truyền của người tiêu dùng
  nutrigx_advisor — Dinh dưỡng được cá nhân hóa từ dữ liệu di truyền của người tiêu dùng

### Di truyền quần thể & GWAS
kỹ năng sinh học:
  di truyền dân số/ — thử nghiệm liên kết (PLINK GWAS), cơ bản về plink, cấu trúc dân số, liên kết-mất cân bằng, phân tích scikit-allel, thống kê chọn lọc
  nguyên nhân-genomics/ — ngẫu nhiên hóa mendelian, lập bản đồ tinh tế, phân tích colocalization, phân tích hòa giải, phát hiện pleiotropy
  phasing-imputation/ — haplotype-phaseing, kiểu gen-imputation, imputation-qc, bảng tham chiếu
ClawBio:
  vuốt-tổ tiên-pca - PCA tổ tiên so với bảng tham chiếu SGDP

### Metagenomics & Hệ vi sinh vật
kỹ năng sinh học:
  metagenomics/ — phân loại kraken, lập hồ sơ metaphlan, ước tính độ phong phú, lập hồ sơ chức năng, phát hiện amr, theo dõi biến dạng, trực quan hóa metagenome
  microbiome/ — xử lý khuếch đại, phân tích đa dạng, sự phong phú khác biệt, phân công phân loại, dự đoán chức năng, quy trình làm việc qiime2
ClawBio:
  vuốt-metagenomics - Hồ sơ metagenomics của súng ngắn (phân loại, điện trở, đường dẫn chức năng)

### Lắp ráp và chú thích bộ gen
kỹ năng sinh học:
  gen-assembly/ — hifi-assembly, long-read-assembly, short-read-assembly, metagenome-assembly, lắp ráp-đánh bóng, lắp ráp-qc, giàn giáo, phát hiện ô nhiễm
  chú thích bộ gen/ — dự đoán gen nhân thực, chú thích nhân sơ, chú thích chức năng, chú thích ncrna, chú thích lặp lại, chuyển chú thích
  trình tự đọc dài/ — basecalling, căn chỉnh đọc dài, đọc-qc dài, biến thể clair3, biến thể cấu trúc, đánh bóng medaka, methyl hóa nanopore, phân tích isoseq

### Sinh học cấu trúc & Tin học hóa học
kỹ năng sinh học:
  cấu trúc-sinh học/ — dự đoán alphafold, dự đoán cấu trúc hiện đại, cấu trúc-io, điều hướng cấu trúc, sửa đổi cấu trúc, phân tích hình học
  tin hóa học/ — phân tử-io, mô tả phân tử, tìm kiếm tương tự, tìm kiếm cấu trúc con, sàng lọc ảo, dự đoán admet, liệt kê phản ứng
ClawBio:
  struct-predictor - Dự đoán cấu trúc AlphaFold/Boltz/Chai cục bộ có so sánh`###Proteomics
kỹ năng sinh học:
  proteomics/ — nhập dữ liệu, nhận dạng peptide, suy luận protein, định lượng, sự phong phú khác biệt, phân tích dia, phân tích ptm, proteomics-qc, thư viện quang phổ
ClawBio:
  proteomics-de — biểu hiện khác biệt của proteomics### Phân tích lộ trình & Mạng lưới gen
kỹ năng sinh học:
  phân tích con đường/ — go-làm giàu, gsea, kegg-pathways, Reactome-pathways, wikipathways, làm giàu-trực quan hóa
  mạng-điều tiết-gen/ — mạng điều chỉnh cảnh quan, mạng cùng biểu hiện, mạng vi phân, multiomics-grn, mô phỏng nhiễu loạn

### Tin học miễn dịch
kỹ năng sinh học:
  tin học miễn dịch/ — dự đoán liên kết mhc, dự đoán epitope, dự đoán tân kháng nguyên, tính điểm miễn dịch, liên kết tcr-epitope
  tcr-bcr-analysis/ — mixcr-analysis, scirpy-analysis, immcantation-analysis, tiết mục-hình dung, phân tích vdjtools

### CRISPR & Kỹ thuật bộ gen
kỹ năng sinh học:
  sắc nét-màn hình/ — phân tích mageck, phân tích giắc cắm, gọi lần truy cập, màn hình-qc, thiết kế thư viện, chỉnh sửa sắc nét, phân tích chỉnh sửa cơ sở, hiệu chỉnh hàng loạt
  kỹ thuật gen/ — grna-design, dự đoán ngoài mục tiêu, hdr-template-design, base-editing-design, prime-editing-design

### Quản lý quy trình làm việc
kỹ năng sinh học:
  quản lý quy trình làm việc/ — snakemake-workflows, nextflow-pipelines, cwl-workflows, wdl-workflows
ClawBio:
  repro-enforcer - Xuất bất kỳ phân tích nào dưới dạng gói tái sản xuất (Conda env + Singularity + checksums)
  galaxy-bridge — Truy cập hơn 8.000 công cụ Galaxy từ usegalaxy.org

### Tên miền chuyên biệt
kỹ năng sinh học:
  nối thay thế/ — nối-định lượng, ghép nối vi phân, chuyển đổi isoform, sashimi-plot, nối tế bào đơn, nối-qc
  sinh thái-genomics/ — edna-siêu mã vạch, cảnh quan-genomics, bảo tồn-di truyền, đa dạng sinh học-số liệu, cộng đồng-sinh thái, phân định loài
  dịch tễ học-genomics/ — phân loại mầm bệnh, giám sát biến thể, động lực học, suy luận lây truyền, giám sát amr
  sinh thiết lỏng/ — tiền xử lý cfdna, phát hiện đột biến ctdna, phân tích mảnh, ước tính tỷ lệ khối u, phát hiện dựa trên methyl hóa, theo dõi dọc
  epitranscriptomics/ — m6a-gọi đỉnh, m6a-vi sai, phân tích m6anet, tiền xử lý merip, sửa đổi-trực quan hóa
  chất chuyển hóa/ — tiền xử lý xcms, chú thích chất chuyển hóa, chuẩn hóa-qc, phân tích thống kê, lập bản đồ lộ trình, lipidomics, phân tích mục tiêu, tiền xử lý msdial
  flow-cytometry/ — xử lý fcs, phân tích cổng, biến đổi bù, phân cụm-kiểu hình, phân tích vi phân, đo tế bào-qc, phát hiện cặp đôi, chuẩn hóa hạt
  hệ thống-sinh học/ - phân tích cân bằng thông lượng, tái thiết trao đổi chất, tính thiết yếu của gen, mô hình theo ngữ cảnh cụ thể, quản lý mô hình
  rna-structure/ — dự đoán cấu trúc thứ cấp, tìm kiếm ncrna, thăm dò cấu trúc

### Trực quan hóa và báo cáo dữ liệu
kỹ năng sinh học:
  trực quan hóa dữ liệu/ — ggplot2-fundamentals, phân cụm bản đồ nhiệt, tùy chỉnh núi lửa, biểu đồ tuần hoàn, theo dõi trình duyệt bộ gen, trực quan hóa tương tác, số liệu nhiều bảng, trực quan hóa mạng, biểu đồ khó chịu, bảng màu, biểu đồ chuyên biệt, dấu vết bộ gen
  báo cáo/ — báo cáo rmarkdown, báo cáo quarto, báo cáo jupyter, báo cáo qc tự động, xuất số liệu
ClawBio:
  profile-report — Báo cáo hồ sơ phân tích
  trình trích xuất dữ liệu - Trích xuất dữ liệu số từ hình ảnh nhân vật khoa học (thông qua tầm nhìn)
  lit-synthesizer — Tìm kiếm, tóm tắt, biểu đồ trích dẫn PubMed/bioRxiv
  pubmed-summariser — Tìm kiếm gen/bệnh PubMed với bản tóm tắt có cấu trúc

### Truy cập cơ sở dữ liệu
kỹ năng sinh học:
  truy cập cơ sở dữ liệu/ — entrez-search, entrez-fetch, entrez-link, blast-searches, local-blast, sra-data, geo-data, uniprot-access, tải xuống hàng loạt, cơ sở dữ liệu tương tác, trình tự tương tự
ClawBio:
  ukb-navigator — Tìm kiếm ngữ nghĩa trên hơn 12.000 trường Biobank của Vương quốc Anh
  công cụ tìm thử nghiệm lâm sàng — Khám phá thử nghiệm lâm sàng

### Thiết kế thử nghiệm
kỹ năng sinh học:
  thiết kế thử nghiệm/ — phân tích công suất, cỡ mẫu, thiết kế hàng loạt, thử nghiệm nhiều lần

### Học máy cho Omics
kỹ năng sinh học:
  học máy/ — phân loại omics, khám phá dấu ấn sinh học, phân tích sinh tồn, xác thực mô hình, giải thích dự đoán, lập bản đồ bản đồ
ClawBio:
  vuốt-ngữ nghĩa-sim - Chỉ số tương tự về mặt ngữ nghĩa cho tài liệu về bệnh (PubMedBERT)
  omics-target-evidence-mapper - Bằng chứng tổng hợp ở cấp độ mục tiêu trên các nguồn omics

## Thiết lập môi trường

Những kỹ năng này giả định một máy trạm tin sinh học. Sự phụ thuộc phổ biến:

``` bash

# Python
pip install bioPython pysam cyvcf2 pybedtools pyBigWig scikit-allel anndata scanpy mygene

# R/Bioconductor
Rscript -e 'BiocManager::install(c("DESeq2","edgeR","Seurat","clusterProfiler","methylKit"))'

# CLI tools (Ubuntu/Debian)
sudo apt install samtools bcftools ncbi-blast+ minimap2 bedtools

# CLI tools (macOS)
brew install samtools bcftools blast minimap2 bedtools

# Or via Conda (recommended for reproducibility)
conda install -c bioconda samtools bcftools blast minimap2 bedtools fastp kraken2

`

## Cạm bẫy- Các kỹ năng được tìm nạp KHÔNG ở định dạng Hermes SKILL.md. Họ sử dụng cấu trúc riêng của họ (bioSkills: sách dạy nấu ăn mẫu mã; ClawBio: README + tập lệnh Python). Đọc chúng như tài liệu tham khảo chuyên môn.
- bioSkills là hướng dẫn tham khảo — chúng hiển thị các tham số và mẫu mã chính xác nhưng không phải là quy trình thực thi.
- Các kỹ năng ClawBio có thể thực thi được — nhiều kỹ năng có cờ 

--demo
` và có thể chạy trực tiếp.
- Cả hai repo đều giả sử đã cài đặt công cụ tin sinh học. Kiểm tra các điều kiện tiên quyết trước khi chạy đường ống.
- Đối với ClawBio, trước tiên hãy chạy 
`pip install -r requirements.txt
` trong repo nhân bản.
- Tệp dữ liệu bộ gen có thể rất lớn. Hãy chú ý đến dung lượng ổ đĩa khi tải xuống bộ gen tham chiếu, bộ dữ liệu SRA hoặc chỉ mục xây dựng.